Bem, só falta acertar isto e termino o meu projeto aqui.
Estou fazendo assim, coloquei um checkbox na janela inicial, no qual se deixar marcado, ao sair no form_unload() terá o código abaixo:
Private Sub Form_Unload(Cancel As Integer)
    Dim Reg As Object
    If chkIniAutoNC.Value = 1 Then
        Set Reg = CreateObject("wscript.shell")
         Reg.RegWrite "HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMICROSOFTWINDOWSCURRENTVERSIONRUN" & "nome_exe", App.Path & "ome.exe"
    End If
Agora como faria para deletar se eu deixar desmarcado ao sair? Reg.RegDelete ...? E teria algum problema de ficar sempre criando e deletando mesmo que eu não tenha feita alteração, tipo, iniciou marcado e termina marcado o checkbox? O que eu poderia fazer? E estou colocando no form_load() --> me.hide, mas está abrindo o programa ao carregar e no caso quero que só carregue e fique na bandeja ao carregar o windows, só dá certo se eu colocar o me.hide no form_activate(), mas ainda aparece a janela no desktop e depois some e toda vez que vou para uma outra janela e volto para inicial a sub form_activate é ativado e assim executa o me.hide.

Obs.: Já vi outros script que trabalha muito bem com o registro do win, mas achei grande demais o código e eu só quero criar ou deletar o registro que irá rodar o programa ao iniciar o win, então acabei gostando deste que é apenas 3 linhas.