Caro isso é uma coisa meio complicado. Voce pode usar dfd, fluxo e etc. Mais como somos meros mortais e não temos tempo , procuro fazer algo pratico e rapido. Eu faco assim.
Um manual de ususario, faco em html usando um editor qualquer. Com as telas de cada form e os relatorios impressos. Capturo as telas e coloco no manual fica legal e como ele é hiperlink o usuario navega pelo manual como se fosse um homepage.
Faco tambem um manual tecnico, esse eu gero automaticamente pelo mztool. Eu coloque todas as rotinas bem comentadas ( no proprio vb) depois peco para o mztools gerar a documentacao. Ele le cada rotina do sistema e pega os comentarios gerando um relatorio bem completo.
Isso é um jeito pratico. Nao tem grandes fluxos de informacoes para onde o relatorio vai (qual departamento) e etc. Mais ajuda na hora que precisa.