Olá! Pode instalar tranquilo. O Service Pack do VB trás correções e raramente recursos novos. A instalação não causa conflito nas aplicações desenvolvidas com SPs anteriores, além disso ele é acumulativo, ou seja, quando você instala o SP6, já vem com todas as correções dos SPs anteriores o que torna desnecessária a instalação dos mesmos.
Flw!