Tanto o MySql quanto o MSDE não são grátis.

 

O MySql é opensource, se você for distribuir os seus fontes (tornando assim o seu trabalho opensource) você pode usa-ló sem pagar nada, entretanto se você for cobrar pelo seu sistema e não entregar os fontes terá de pagar pelo banco. (E caro)

MSDE é necessário ter licenças do VS ou do Office. (Este eu não me recordo bem, talvez algum outro produto da MS te da o direito de usar o banco.)

O MSDE é muito bom, entretanto limitado a 5 usuários simultâneos e a 2 GB. (Nunca fiz os testes entretanto já li algo a respeito)

Alguns dizem que quando chega a ter mais de 5 usuários o banco não se comporta bem, perdendo desempenho outros dizem que o 6º usuário não conseguirá se conectar, como disse não fiz um teste.

Entre outros, temos o Postgree e o Firebird, eu particularmente estou estudando o Firebird (O Roberto, o PC e eu)

 

Saiba mais no post que eu criei:

 

Lá você encontrará muitas informações sobre o Firebird e um pouco sobre os bancos MSDE, MySql e PostgreeSql.

 

 

Para mais informações sobre o MSDE leia o post do amigo X-Crow.