Tente chamar o arquivo direto de onde ele foi gravado e não do atalho, tive o mesmo problema e constatei que o atalho vem faltando dados, tanto o do menu iniciar como o da área de trabalho, para corrigir o atalho siga os passos:
No atalho do programa clique com o botão direto e vá em propriedades
Na guia "objeto" coloque o atalho do arquivo, ex: "c:arquivos de programasProgramaPrograma.exe"
Na guia "iniciar em" coloque "c:arquivos de programasprograma"
Só não sei corrigir isso no instalador do inno setup, se vc souber me comunique.
Espero ter ajudado
T+
